1958年1月，组建伊始名为苏北地质队，驻地为东海县平明公社安营大队。
1958年5月21日，改为徐州地质队，队部迁至徐州市福水井。
1959年2月1日，更名为徐州专署地质局，队部迁至堤北现家属院。
1962年3月27日，更名为江苏省第五地质综合普查大队，当年秋天，队部迁至徐州市大马路。
1962年10月11日，又改为江苏省第五地质队，1964年6月队部迁至东海县牛山镇。
1970年9月6日，改称江苏省重工业局第五地质队。
1971年2月5日，复称江苏省第五地质队，队部迁至茅村大赵庄北大院。
1975年10月20日，江苏地质局决定从五队分出第六地质队，驻东海，负责江苏省东北部地区地质找矿工作，主要工作区域：盐城地区、淮阴地区、徐州地区东部及连云港市，共有职工229人。
1977年8月，经江苏省革命委员会地质局批准，更名为：江苏省地质局第六地质队。
1979年3月，被国家地质总局命名为“大庆式企业”。
1980年7月，取消革命委员会，实行队长制。
1983年3月，荣获江苏省人民政府“职工教育”先进单位。
1983年7月，更名为：江苏省地质矿产局第六地质大队。职工队伍发展至617人，下设9个党支部，党员人数达156人。
1984年，荣获地质矿产部“企业整顿”先进单位。
1985年12月，江苏省人民政府授予“开发苏北有功科技单位壹等奖”。
1987年起，开始部分转产，开拓地质市场。
1992年起，全面转产，向国家提交地质成果44份，其中一份获省政府科技三等奖，3项获部找矿二等奖，2项获部找矿三等奖，2项获部找矿四等奖，发现矿产地20个，磷、蛇纹石、大理石、花岗石、兰晶石、石榴子石、矿泉水、地热资源等12种矿产资源已经开发利用。
1994年，全面走向市场，下设江苏省连云港岩土工程公司、江苏省连云港工程勘察处、江苏省第六地质大队天然珠宝首饰厂、机械修理车间、地质矿（产）开发部等多个经济实体，以岩土工程、工程地质、水文地质、找水供水、地质勘察、物化探、工程测量、绘图、化学测试、钻探机械、珠宝首饰加工鉴定等多产业开拓市场。
2010年10月，海州新基地建设全面完成，大队整体搬迁到市区，驻地为连云港市秦东门大街361号。
2024年2月，以江苏省地质矿产局第六地质大队为基础，整合相关单位公益职能，组建江苏省地质局第六地质大队。